Người hâm mộ anh hẳn không thể quên vào tháng 12/2015, Công Phượng đã được đội Mito Hollyhock (Nhật Bản) ký hợp đồng cho mượn tại J-League 2 với giá trị chuyển nhượng là 100.000 USD. Tại câu lạc bộ này anh khoác áo số 16 là số áo mà cầu thủ Hàn Quốc Park Joo-Ho đã từng mặc. Chuyến xuất ngoại này này của anh không mấy suôn sẻ khi mà anh thường xuyên phải ngồi băng ghế dự bị. Đến 05/2016, lần đầu tiên anh được đá chính thức màu áo Hollyhock khi được vào sân để để thay thế cho cầu thủ Hosokawa Junya tại phút 87.

Trong suốt 1 năm khoác áo đội Mito Hollyhock, Công Phượng được thi đấu tổng cộng 5 trận với số thời gian tổng cộng chơi trên sân chỉ khoảng 80 phút. Sau khi J.League 2 năm 2016 kết thúc, anh trở lại thi đấu cho Hoàng Anh Gia Lai tại giải vô địch quốc gia Việt Nam 2017.

Lần xuất ngoại thứ 2 của Công Phượng là vào tháng 2/2019 khi anh ký hợp đồng thi đấu theo dạng cho mượn với đội bóng Hàn Quốc Incheon United. Tuy nhiên, chỉ  gần 4 tháng thi đấu tại K-League, Công Phượng đã chấm dứt hợp đồng với Incheon United với mong muốn được thử thách thêm ở trời Âu. Đến tháng 07/2019, anh ký hợp đồng cho mượn một năm với CLB Sint-Truidense và thi đấu tại giải đấu Jupiler Pro League nước Bỉ. Tuy nhiên tại thời gian thi đấu ở Bỉ, Công Phượng không tạo nên được sự đột phá nào. Anh cũng chịu khá nhiều áp lực khi thi đấu tại đây. Tuy nhiên theo lời huấn luyện viên đội tuyển này chia sẻ thì ông đánh giá cao thái độ và phẩm chất của Công Phượng. Có điều, lối đá của anh không phù hợp với phong cách và chiến thuật của đội tuyển. Mức lương anh nhận được ở đội là ở mức trung bình so với các cầu thủ khác